La storia è ambientata nel Regno di Fiore, un Paese in cui la magia e i maghi sono cosa comune e questi ultimi sono per la maggior parte aggregati in Gilde. Fairy Tail, il titolo della serie, è anche il nome della gilda di cui fanno parte i protagonisti della nostra storia.
Le Gilde sono organizzate diversamente tra loro: ognuna ha la sua autonomia. Principalmente ci sono però tre gradi a cui i maghi possono aspirare: essere semplici membri e partecipare alle varie attività; diventare maghi di classe S, cioè quelli che possono accedere alle missioni dell'omonimo grado, ritenute le più pericolose; diventare il maestro della gilda, cioè colui che gestisce, come un manager, l'intera congregazione. Ovviamente più si sale in questa scala più è richiesta una maggiore abilità fisica, magica, e intellettuale. Al di sopra della struttura Gildica, per proteggere i comuni abitanti di Fiore (i non maghi) e per prevenire che la magia venga usata in modo distruttivo, esistono due sovrastrutture: il consiglio dei maestri di gilda, e il Consiglio Supremo dei Maghi (d'ora in avanti chiameremo quest'ultimo semplicemente “Consiglio”), composto solo da pochissimi scelti tra i maghi più saggi e potenti. Makarov, il maestro di gilda di Fairy Tail è, ovviamente, uno dei membri del Consiglio.
I maghi appartenenti alle gilde, svolgono missioni che vengono commissionate alla gilda cui appartengono, che, per far si che i membri possano scegliere quale missione svolgere, affiggono i manifesti di queste ultime nella bacheca comune. Le missioni di classe S vengono affisse invece su una bacheca riservata ai maghi in possesso di quel grado. Ogni mago o gruppo di maghi, può richiedere l'affidamento di una missione, togliendola dalla bacheca e chiedendone l'approvazione al maestro di gilda. I maghi, quindi, possono partecipare in gruppo a una missione. Generalmente, i maghi di una gilda si uniscono formando squadre i cui membri collaborano per la riuscita delle missioni. Queste squadre, generalmente rimangono invariate nel tempo diventando “team ufficiali”. Ovviamente non mancano personaggi che invece preferiscono lavorare da soli, o per superbia o per carattere. A ogni missione completata corrisponde una ricompensa che va divisa quasi esclusivamente tra i membri della squadra che l'ha compiuta (non è ben chiaro se la gilda ne ricavi una percentuale, anche se questa sembra la cosa più probabile). Le missioni possono essere di vario tipo: dal ritrovamento di un oggetto o una persona, all'uccisione di un mostro, ad aiutare un popolo a combattere contro un'invasore esterno, specialmente se si tratta di altri maghi. A quanto pare non ci sono vincoli sul cosa possa essere l'oggetto di una missione.
Ed eccoci alla peculiarità di quest'opera, ciò che la rende diversa dalle altre: non solo l'autore ha avuto grande fantasia nella produzione stessa dell'opera per quanto riguarda la storia, ma è riuscito a coniugare la freschezza caratteriale dei personaggi (come già visto con One Piece), dove le battute riescono a rompere anche la drammaticità di un momento critico, con un aspetto davvero innovativo nel genere: l'autore è riuscito ad eliminare finalmente lo stereotipo di mago che le altre opere ci avevano inculcato fin'ora (sia da parte giapponese che occidentale). Mishima, infatti, ha creato dei maghi che non usano passivamente la magia facendone il loro unico punto di forza (che finora è stato anche indice di debolezza fisica), ma ha disegnato dei maghi che sono agilissimi e forti combattenti, oltre ad usare la magia. Inoltre, questa, viene spesso usata solo per rafforzare ulteriormente gli attacchi fisici del combattente o per fargli da scudo! Chi avrà l'occasione di vedere l'anime o leggere il manga, la storia è colma di combattimenti fisici più che "magici". Questa è una fondamentale innovazione!