Will è un giovane cadetto dell'ex accademia militare di Laurentia, scampato miracolosamente all'apocalittica pioggia di meteore che ha cambiato per sempre l'ecosistema terrestre, riducendo in rovina il pianeta e decimandone la popolazione.
Eppure, anche in un momento così critico, l'umanità ancora si strugge in futili conflitti. Alcuni combattono per sopravvivere, altri per vendetta. Altri ancora razziano gli sparuti accampamenti di sopravvissuti per il solo piacere di uccidere.
Non è un mondo facile quello in cui Will è costretto a combattere ma per fortuna sulla sua strada incontra O'Brian, il leggendario ufficiale dell'esercito Laurentiano, ora a capo di un battaglione indipendente li cui scopo è salvaguardare i civili rimasti e tentare di ripristinare l'ordine, portando sempre li conforto e la speranza, il messaggio che essere sopravvissuti ad una simile catastrofe è una dono, non una maledizione.
Così il gruppo di liberazione marcia da una città all'altra, cercando tra le rovine altri compagni assieme a cui guardare la fitta coltre di polvere che oscura il cielo, in attesa che la luce del sole torni a farsi largo sulla terra. Ma il viaggio non sarà privo di minacce, e mentre Will maturerà trovando un significato alle sue battaglie, ci penseranno banditi, militari invasati, mercenari ribelli civili disillusi e virus mortali a rendere la vita ancor più difficile.
I temi toccati da Dark Conflict, sapientemente veicolati da un clichè all'altro, sono i più duri e maturi visti in un capitolo della serie Advance Wars.
Colgono di sorpresa e regalano un impianto narrativo notevole, teso, perpetuamente stravolto da colpi di scena, proprio come ci si aspetterebbe da ogni strategico che si rispetti, e da un cast di personaggi del tutto nuovo, che miscela di stereotipi della narrativa per ragazzi e del mondo militare con una caratterizzazione grafica tagliente, il cui effetto finale è in grado di rimanere impresso all'istante nel cuore del giocatore, a cui non resterà che ammettere sommessamente che i bellissimi protagonisti dei vecchi, colorati episodi, hanno trovato dei degni sostituti.

La base del sistema di gioco è rimasta fondamentalmente intatta, anche se le poche modifiche che sono state apportate si rivelano immediatamente significative. In effetti la mole di cambiamenti è esigua, eppure si tratta di scelte chirurgiche che hanno reso il gameplay ancora più complesso e profondo.
Scopo del gioco è nella quasi totalità dei casi annientare l'armata (o le armate) avversaria con la propria, muovendo “miniature” di veicoli e truppe di vario genere contro quelle nemiche, sfruttando un complicatissimo sistema di attacchi prioritari e vulnerabilità, che dipendono dalla tipologia di ogni veicolo. Proprio l'eliminazione di alcune unità a favore del bilanciamento del gameplay (via i devastanti Neotank, ad esempio) e l'aggiunta di altre dalle spiccate capacità tattiche donano al titolo una profondità ancor superiore.
Si pensi ad unità come il motociclo, che sopperisce ad una capacità difensiva ridicola un'elevata mobilità, che se sfruttata a dovere permette di conquistare le basi più distanti in gran velocità.
O ancora all'Autobase, sostituto dell'APC, che rifornisce le unità alleate di proiettili e carburante, ma anche di costruire basi per facilitare l'operazione di recupero di unità navali e aeree.
La timida introduzione di unità in grado di costruirne altre è una grande rivoluzione nel gameplay, in grado di generare situazioni del tutto inedite, utile combustibile per alimentare l'interesse di chi ad Advance Wars ci gioca dagli esordi su GBA, o magari ancora prima ricorrendo al mercato d'importazione.
In alcune mappe si dispone di un esercito pre-determinato, mentre in altre sono inclusi degli edifici in grado di costruirne svariati modelli (porti, fabbriche, aeroporti) utilizzando i fondi che di turno in turno si accumulano in base al numero di basi conquistate da ogni sfidante in campo.
Completamente rinnovato il sistema degli Ufficiali, che ora non sono più deus ex machina al comando degli eserciti: l'UC selezionato può scendere in campo all'interno di un'unità (che sarà subito contrassegnata da una particolare icona), potenziando tutti gli alleati all'interno dell'area circostante. Inoltre, abbattendo gli avversari con mezzi all'interno dell'aria d'influenza di un UC, si caricherà una barra in grado di scatenare attacchi speciali che variano da personaggio a personaggio, proprio come accade negli altri titoli della serie. Questa volta però i power up sono decisamente più ragionevoli, ed è impossibile ribaltare l'esito di una partita affidandosi solo ad essi.

Ridimensionata la mole di modalità di gioco: Dark Conflict offre solo partite ad UC e schermo singolo. Dimenticate dunque le doppie-mappe di Dual Strike e concentrate invece l'attenzione sul più gran numero di livelli (che includono anche i più difficili mai affrontati) mai inclusi in un episodio della serie. Già senza giocare la campagna in singolo, l'opzione “Sfida” permette di accedere a tantissimi scenari (alcuni dei quali già visti in passato) dalle dimensioni più disparate, e scendere in campo contro un massimo di altri tre eserciti, rigorosamente controllati dalla CPU.
Avanzando nella campagna invece, oltre alle mappe indispensabili per proseguire con la trama, si renderanno disponibili moltissimi altri stage, che sapranno mettere a dura prova anche l'abilità strategica dei giocatori più navigati.
La longevità è insomma garantita, e sebbene gli extra inclusi non siano così numerosi (cosa a cui i fan si abitueranno ben presto) e siano piuttosto semplici da sbloccare, è proprio il numero di missioni smodato ad assicurare a lungo l'interesse verso il titolo, assieme all'immancabile collezione di medaglie di cui far sfoggio con gli amici, sbloccabili soddisfacendo i requisiti più disparati.
Ovviamente c'è poi la modalità multiplayer e, sopratutto, quella che è forse la più importante tra le nuove opzioni introdotte: il supporto della Nintendo Wi-Fi Connection.