Protagonista principale di Inazuma Eleven è Mark Evans, portiere della squadra di calcio della sua scuola, la Raimon Junior High. A dire il vero una vera e propria squadra non c'è: i pochi iscritti al club non sembrano avere una gran voglia di allenarsi. Ma Mark ha un sogno nel cassetto che deve realizzare a tutti i costi: vincere il Football Frontier, il campionato nazionale che vede affrontarsi le squadre di calcio più blasonate di tutta la regione. Vestiti i suoi panni e mossi dal suo ardente desiderio, dovremo trovare il modo di reclutare nuovi adepti, costruire un team competitivo e affrontare con tutti noi stessi le sfide che progressivamente ci porteranno a raggiungere la vittoria finale.

In ogni capitolo che compone la trama principale di Inazuma Eleven saremo chiamati ad affrontare una squadra all'interno dei due tornei presenti nel gioco. Prima di intraprendere ogni scontro, tuttavia, il titolo ci metterà di fronte ad alcune azioni da svolgere nel vasto mondo esplorabile messo a disposizione da Level 5. Mark potrà muoversi all'interno della sua scuola e non solo, per raggiungere i vari obiettivi visualizzati sullo schermo superiore della console. Muoverci nelle varie zone sarà molto semplice, grazie alla presenza di due schemi di controllo differenti: la croce direzionale svolgerà egregiamente il suo compito, ma anche l'uso del pennino per indirizzare i movimenti di Mark e della sua combriccola risulterà intuitivo e pratico. Uno degli obiettivi principali sarà quello di scegliere accuratamente i nostri compagni di gioco, per costruire una squadra degna di essere chiamata tale. All'inizio non avremo una grande scelta (anzi potremo ritenerci fortunati se riusciremo a raggiungere gli 11 elementi necessari per scendere in campo), ma proseguendo nel gioco, il titolo ci permetterà di ingaggiare le più disparate personalità tra 1000 diversi giocatori presenti all'interno del titolo. Si potranno scegliere atleti ed appassionati iscritti ai diversi club presenti alla Raimon, scovare le stelle nascenti nelle altre zone della nostra città, oppure ingaggiare elementi delle squadre che avremo sconfitto durante il nostro cammino. Una scelta così vasta che dà al giocatore ampia libertà nel gestire come meglio crede il suo team. Ogni calciatore infatti non è solo differente per il suo aspetto fisico, ma è reso unico da una serie di statistiche e attributi, tipici dei classici giochi di ruolo. Attacco, difesa, velocità, grinta, resistenza, controllo, comporranno la "carta di identità" di ogni atleta: dati che faranno poi la differenza sul campo.