999 ha un incipit tutto particolare che si ispira vagamente al primo capitolo della saga cinematografica Saw, con le dovute differenze e distanze: il primo nove del titolo rappresenta le ore, quelle a disposizione per fuggire; il secondo le persone coinvolte, loro malgrado, nel sadico e misterioso gioco, guarda caso intitolato nonary game, e quindi anch'esso legato al numero nove; il terzo è il quantitativo di porte che divideranno i concorrenti dall'agognata libertà.
La simbologia relativa a tale numero è quindi pervasiva in tutti il gioco, sia per quanto riguarda la trama che relativamente al gameplay, con ripetuti richiami, verbali, grafici, concettuali e logici.
Uno dei nove personaggi è Junpey, ragazzo che frequenta il college e parziale protagonista della vicenda; parziale per il semplice motivo che ogni personaggio incluso nel gioco è caratterizzato così bene da ritagliarsi un ruolo di primo piano, creando intorno a sé un alone di interesse direttamente proporzionale al legame empatico che si andrà rapidamente a creare con il giocatore: c'è chi preferirà Santa, eclettico giovane con i capelli bianchi e stile vagamente punk, chi Lotus, misteriosa donna vestita in modo particolarmente discinto, con gioielli e acconciatura da ballerina medio orientale.
Qualcuno si sentirà al sicuro al fianco di Seven, gigantesco uomo con il volto e il corpo segnato da numerose cicatrici, oppure sentirà il dovere di proteggere Clover, ragazzina dai capelli rosa, accompagnata da Snake, fratello non vedente che però ostenta un'impressionante sicurezza in ogni frangente.
E poi c'è lei, Akane, vecchia compagna di scuola di Jumpey, rivista finalmente dopo tanti anni anche se in una situazione decisamente poco piacevole come quella rappresentata nell'incipit del gioco.

Tutti i partecipanti al nonary game si ritrovano su una nave, storditi, con poca memoria di quanto accaduto, prigionieri in stanze chiuse a chiave che rappresentano la loro prima prova di sopravvivenza. Una volta evasi si renderanno conto della loro condizione: bloccati su una nave che lentamente affonderà nell'oceano, modificata appositamente per non offrire alcuna via d'uscita oltre a quelle previste dall'ideatore del gioco.
Tali vie di fuga sono delle porte, dotate di un meccanismo di sicurezza che va sbloccato per proseguire e che a loro volta, indirettamente, andranno a influenzare le scelte del giocatore, riflettendosi su trama ed esito finale dell'intera vicenda.
Il ruolo fondamentale lo ricopre nuovamente il numero nove: ogni concorrente si risveglia con al polso un congegno molto simile ad un orologio. La finalità non è però quella di visualizzare l'ora ma di identificare la persona con un numero: nove concorrenti per i numeri dall'uno al nove. Ogni porta, a sua volta, ha un valore disegnato con un'inquietante vernice rossa molto simile al sangue. A tutto questo si innestano le fredde leggi matematiche: per superare una determinata porta i concorrenti devono utilizzare il proprio bracciale su un sensore. Se la radice digitale dei numeri impressi sui bracciali, ottenuta sommando progressivamente i vari valori fino ad ottenere una singola cifra, corrisponde a quella della porta, quest’ultima si aprirà. Ogni porta può essere attraversata da un numero di persone variabile da tre a cinque e quelle scelte dovranno contribuire insieme al passaggio, pena l’attivazione di un esplosivo presente nei loro corpi.
Con chi vorremo attraversare una determinata porta? E quale di quelle scoperte all’interno della nave? Di chi potremo fidarci davvero? Fino a che punto potremo spingerci nel tentare di sopravvivere forzando le regole del gioco?
Tutte domande alle quali potremo dare una risposta giocando e facendo delle scelte, spesso decisamente importanti e sul filo della tensione, partecipando alle due tipologie di gameplay che il gioco mette a disposizione.