L'impianto della serie è rimasto immutato anche in Perla e Diamante, nonostante ciò, già dal primo impatto con il titolo è possibile rendersi conto della volontà di muovere dei passi in nuove direzioni.
La breve introduzione che precede la schermata del titolo, realizzata con il motore grafico del gioco, mostra già due importantissimi elementi.
La prima è la scelta di adottare un nuovo motore grafico tridimensionale. Si tratta di qualcosa che va ben oltre la semplice scelta cosmetica, e che influisce non poco sul gameplay del titolo, come avremo occasione di vedere nel dettaglio più avanti.
La seconda è l'assunzione di un tono lievemente più maturo. Non siamo certo di fronte ad un cambiamento così drastico, com'è accaduto in serie quali Kingdom Hearts, eppure è chiaro l'intendo di rendere la trama di Perla e Diamante più complessa e articolata, senza rinunciare alla tipica atmosfera che contraddistingue la serie.
Sebbene lo scopo di fondo sia il medesimo di ogni episodio di Pokémon, ovvero viaggiare per il mondo classificando le specie di mostriciattoli sconosciute e, contemporaneamente, sconfiggere il gruppo di malintenzionati di turno con il pallino per la dominazione del globo, questa volta Nintendo fa calcare la scena ad un numero decisamente sopra la media di personaggi. Rivali, nemici, compagni e qualche colpo di scena riescono a catturare l'attenzione del giocatore in modo inedito per la saga. Si può parlare praticamente per la prima volta di caratterizzazione dei personaggi, seppur basilare.
L'impatto che una simile scelta ha sul gioco è incredibile. Vagando per le locazioni si verrà coinvolti in un buon numero di situazioni diverse: recuperare oggetti smarriti, scacciare dei mostri che bloccano un tratto di strada, aiutare una ragazza sperduta in una caverna a ritrovare la strada. In alcuni casi verremo addirittura fiancheggiati da personaggi alleati che si uniranno brevemente al nostro party e combatteranno assieme a noi, guidati dalla CPU.

Sinnoh, la regione che fa da sfondo alla nostra avventura, è una grande, unica mappa completamente esplorabile.
Come già detto la veste tridimensionale ha permesso ai programmatori di sbizzarrirsi con il level design (in particolare sono molto ispirate le otto palestre). La profondità delle locazioni è molto ben sfruttata e si traduce in un numero elevatissimo di passaggi sopraelevati, percorsi multipli e, ovviamente, passaggi segreti.
Per proseguire nella storia è necessario ottenere le otto medaglie regionali, custodite da altrettanti Gym Leader. Raggiungerli però non è così semplice: occorre infatti risolvere dei piccoli enigmi di natura ambientale, che solitamente necessitano delle giuste abilità o oggetti per essere superati. Spostare un masso o tagliare un albero che ci fanno da ostacolo è possibile utilizzando i giusti pokémon e facendo loro apprendere delle precise abilità. L'autorizzazione a fare uso di queste tecniche però, ci viene fornita solo una volta acquisita la giusta medaglia. Per questo motivo è indispensabile affrontare il viaggio raggiungendo le palestre in un ordine preciso.
A volte, poi, la forza dei nostri compagni di viaggio non sarà sufficiente, e dovremo ricorrere all'uso di key item di vario genere, che spaziano da biglietti navali a pozioni per il mal di testa, o all'immancabile bicicletta.
Una serie di piccoli colpi di scena e capovolgimenti, però, faranno finire il giocatore sovente fuori strada, costringendolo a moversi in direzione completamente opposta da quella prevista. Come se ciò non bastasse, sin dai primi minuti di gioco, dedicando tempo e attenzione all'esplorazione è possibile inbattersi in locazioni segrete o opzionali.
Se già questi elementi sembrano sufficienti a garantire un'esperienza di gioco estremamente longeva, va considerato che il cuore del gioco consiste nella cattura e nell'allenamento dei mostri. In ogni zona della mappa è possibile catturare decine di creature diverse (sono ben 493 in totale) per farle combattere al nostro fianco.
Divisi secondo 18 categorie, che ne determinano resistenza e debolezza elementale, i Pokémon sono tutti sostanzialmente diversi, sia per caratteristiche e per attacchi disponibili che per capacità di evoluzione (ovvero di trasformarsi in creature diverse solitamente raggiungendo un livello prestabilito o utilizzando un particolare oggetto).
Come se ciò non bastasse, grazie alla presenza di alcune routine e valori segreti, anche catturare due mostri identici può portare a risultati completamente differenti. La natura del mostro, visionabile nella schermata dello stato, gli avversari che sconfiggerà ed altri piccoli dettagli influiranno sulla crescita delle sue statistiche. Si aggiunga che, utilizzando le numerose Macchine Tecnica, è possibile insegnare un gran numero di mosse "non previste" dal normale piano di crescita del Pokémon, ed il risultato è evidente: le combinazioni possibili sono pressochè infinite.
Imparare a sfruttare queste variabili non è certamente obbligatorio. Molti giocatori, infatti, ne ignorano completamente l'esistenza, eppure si tratta di un elemento importante del titolo che garantisce una libertà elevatissima al giocatore, a patto che sia in grado di investire pazienza e dovizia a sufficienza.
La creazione di un party versatile è requisito necessario per proseguire nel gioco, vista la natura di alcuni avversari che per essere sconfitti necessitano di strategie precise. In realtà molto spesso per superare questo genere di ostacoli è sufficiente perdere un pò di tempo per guadagnare esperienza, facendo salire il livello del proprio gruppo oltre quello della CPU. La difficoltà generale di Perla e Diamante è infatti piuttosto bassa. Gli amanti della sfida, però, possono sfruttare la modalità multiplayer in locale oppure la possibilità di giocare online...

Considerando le aspettative che inevitabilmente le possibilità del DS creano, il sistema di controllo di Pokémon Diamante e Perla è una delusione.
Il supporto del touch screen è minimo e male implementato: si limita praticamente alla possibilità di dare i comandi in combattimento toccando lo schermo inferiore. Decisamente più comodo affidarsi ai tasti.
Lo schermo superiore mostra l'azione di gioco, mentre quello inferiore solitamente è dedicato al Pokékron, un orologio multifunzione utile per visualizzare l'ora, la mappa del mondo, la posizione delle bacche, un radar per gli oggetti nascosti e molto, molto altro.
Inoltre il titolo fa uso dei soli tasti A e B, e limitatamente dei laterali. E' vergognoso che così tanti pulsanti restino in disuso, specialmente vista la continua necessità di entrare nei menu per attivare e disattivare alcuni oggetti chiave.