Nintendo ha rivelato le informazioni riguardanti il filo narrativo presente in The Legend of Zelda: Spirit Tracks. 

Il contenuto di questa news è quindi altamente SPOILER per coloro i quali non vogliono conoscere i dettagli del titolo fino all'uscita prevista l'11 Dicembre.

Le vicende narrate in The Legend of Zelda: Spirit Tracks avvengono esattamente 100 anni dopo gli eventi visti in Phantom Hourglass. La ciurma di Pirati giunge in una nuova Hyrule, dove gli abitanti convivono con l' oscuro potere di un Re Demone. Gli Spiriti di Hyrule hanno dovuto lottare contro il Re Demone per assicurare la pace nel regno. Per imprigionare il Re Demone, gli spiriti hanno incatenato il suo potere sottoterra con delle catene in tutta Hyrule, le stesse che vengono usate sulla terra ferma come binari per i mezzi di trasporto.
Link, un semplice abitante della nuova Hyrule, parte in viaggio per il castello della principessa Zelda per ricevere un nuovo incarico lavorativo: il capo macchina del treno Reale.
Una volta incontrata Zelda, la principessa donerà a Link il titolo e una misteriosa lettera che ti avverte di stare in guarda dal cancelliere Cole, e di aiutare Zelda ad uscire dal castello per discutere su alcuni misteri dietro al cancelliere.
Una volta uscito dal castello, ed incontrato il tuo maestro Alonzo, Link e Zelda partono sul treno Reale per raggiungere la Spirit Tower, ma ad un tratto i binari svaniscono, il treno deraglia, e vengono attaccati dagli strani poteri che possiede il cancelliere Cole. Zelda viene colpita nello scontro, muore e il suo corpo viene rapito. Anche Link viene colpito, e si risveglia nel castello di Hyrule, con accanto il fantasma della principessa.
Link capirà presto che per salvare il corpo della principessa, rapito per riportare in vita il Re Demone, dovrà ripristinare i binari su tutta Hyrule scalando la Spirit Tower e posizionando al suo interno delle speciali Pietre. Lo Spirito di Zelda lo aiuterà nel suo compito potendo entrare nel corpo di un Phantom, una armatura dotata di vita presente all'interno della Torre.