Le differenze tra Nier Gestalt e Replicant sono solo per il Giappone

La differenza sostanziale è il personaggio giocabile: se in Gestalt saremo un uomo maturo, intento a salvare sua figlia, che utilizzerà la sua forza per eliminare i nemici, in Replicant il protagonista sarà suo figlio. Più esile e con tratti più femminili, questo personaggio avrà nel gioco lo stesso obiettivo: salvare sua sorella. 

Le due versioni quindi hanno un target di utenza differente: occidentale per Gestalt, mentre più strettamente nipponico quello di Replicant. La versione Replicant per PS3 però uscirà solo in Giappone, mentre il resto del mondo giocherà sia su PS3 che Xbox360 solo la versione Gestalt.