Le innovazione in Civilization 4 non mancano di certo, e malgrado i veterani della serie si troveranno a loro agio con le funzioni basi del titolo, come il movimento delle unità, o la costruzione di nuovi edifici nelle città, è vivamente consigliato seguire il tutorial, in quanto moltissimi aspetti appena accennati dei precedenti episodi, come ad esempio i bonus che i vari terreni offrono, o la gestione politica della propria civiltà, sono stati ampiamente espansi, sino a diventare nuovi elementi di gioco.
Uno degli aspetti migliorati rispetto ai titoli precedenti è, senza dubbio, la gestione delle risorse uniche: nei precedenti Civilization, fatta eccezione per il terzo capitolo, tutte le civiltà potevano liberamente costruire qualsiasi unità: i programmatori, per implementare questo aspetto in Civilization 4 hanno deciso di porre delle strette limitazioni: ad esempio, una civiltà, per poter costruire i Dragoni, delle potenti unità di cavalleria, necessiterà di alcune risorse, come il Ferro e i Cavalli. Ancora, in età moderna, per poter costruire i Carri Armati moderni, oppure le bombe atomiche, dovrete necessariamente avere a disposizione una fonte di petrolio per i primi ed una di uranio per le seconde.
Questo stratagemma ovviamente incentiva i giocatori ad espandere la propria civiltà, costruendo delle città prossime a risorse di questo tipo: inutile dirvi che, come accade anche nella realtà, si verranno a creare delle vere e proprie guerre, che potranno coinvolgere anche più civiltà, magari per conquistarsi un pozzo di petrolio attivo, o una piccola miniera di uranio.
Ovviamente la guerra non è l’unica soluzione per potersi accaparrare queste risorse speciali: se preferite utilizzare la diplomazia anziché i cingolati, vi basterà contattare un leader di un'altra civiltà e commerciare qualche vostro bene, un altissima somma di denaro o addirittura una città, in cambio della risorse che desiderate.
Durante una nostra partita, si è rivelato particolarmente efficace conquistare tutti i pozzi di petrolio di una nostra civiltà rivale prima di sferrare l’offensiva pesante contro le diverse città: con una serie di piccoli attacchi consecutivi, e rapidi raid delle forze speciali, siamo riusciti a lasciare senza nemmeno più un barile di grezzo questo nostro rivale: da quel momento in avanti, la strada per la vittoria è stata tutta in discesa: ci è bastato assaltare le loro sorpassate unità con i nostri moderni carri per trionfare in pochi turni.
Esistono comunque diversi tipi di risorse, non unicamente quelle che portano miglioramenti ai vostri apparati bellici, ma anche alcune che, ad esempio, velocizzano la costruzioni di edifici e meraviglie, o che giovano alla saluta dei vostri cittadini o ancora, che aumentano le vostre entrate.
Un'altra interessante novità di Civ 4 è l’introduzione di un avanzato sistema di controllo politico: mentre nei precedenti capitoli il giocatore si trovava davanti alla scelta di una sola possibile forma di governo, con dei vantaggi e svantaggi poco marcati, in questo seguito avrete a disposizione ben cinque diverse forme di governo per ogni possibile ambiente: questo significa che per esempio, la vostra politica economica potrà essere di mercantilismo, che vi porterà dei vantaggi interni ma penalizzerà i rapporti esteri, oppure di libero mercato, che al contrario favorirà la crescita economica. Un altro esempio può essere la vostra possibile politica religiosa: preferite essere una civiltà pagana oppure una fondata sulla teocrazia?
Come potete immaginare, le possibilità di sfumatura della vostra civiltà sono veramente moltissime.