La prima missione è un tutorial che introduce il giocatore alle azioni disponibili, sia per le fasi di gioco in prima persona, sia per la gestione della squadra e dei mezzi meccanizzati. Nonostante la complessità di talune azioni, è possibile destreggiarsi con i comandi dopo una ventina di minuti.
I veterani noteranno subito l'impossibilità di suddividere il proprio team in più di una squadra (le buone e vecchie Alpha, Bravo e Charlie), ma si avrà il controllo indiretto di altri tre commilitori, e occasionalmente, di un droide da ricognizione.
L’utilizzo del termine indiretto è stata una scelta ben precisa: non potrete infatti, passare da un membro all’altro, ma resterete vincolati al vostro alter-ego, alias Cpt. Mitchell e di conseguenza, una sua dipartita corrisponderà ad un vostro game over.
Questa scelta probabilmente farà storcere il naso ai puristi della serie, aggiungeremmo non a torto, in quanto toglie buona parte della tatticità del gioco: malgrado questa scelta aumenti l’immedesimazione negli avvenimenti di gioco, attutisce la sensazione di essere lo stratega del team, piuttosto che un suo membro interno.
Ovviamente sono rimaste immutate le possibilità di pianificare gli spostamenti del vostri membri e di impartire una serie di ordini, che vanno dal classico "raggiungi la posizione ”, al “copertura” o “attacca”.
Le azioni dei team mates vengono interamente gestite tramite la rotellina del mouse ed un comodissimo menù a tendina richiamabile col tasto destro del mouse (forse ispirato a quello presente in SWAT 4) questo sistema risulta decisamente valido e immediato, malgrado possa creare una certa confusione duranti le fasi di gioco più concitate.
Il grosso limite di questo sistema non è tanto dettato dal ristretto numero di ordini impartibili, quanto piuttosto dalla pessima esecuzione che ne segue: i vostri commilitoni sono troppo spesso vittime di un Intelligenza Artificiale non all'altezza della qualità globale del gioco: se in alcune occasioni infatti, si comportano in maniera verosimile, spostandosi rapidamente ed eseguendo celermente i compiti, in altre ignorano il vostro ordine, si fermano a metà dell'esecuzione o peggio, restando in piedi nel bel mezzo di un furioso combattimento, sotto i colpi dei nemici o magari proprio davanti al vostro mirino, sotto i vostri colpi!

Il primo grosso scoglio in cui si imbattono i Ghost è, appunto, l’alternante qualità dell'IA, lontana anni luce dai comportamenti realistici dei cloni di F.E.A.R: soprattutto perchè rischia di vanificare le pianificazioni più complesse: immaginate di aver posizionato, dopo numerosi tentativi, la vostra squadra in modo da far cadere un blindato sotto un fuoco incrociato; una volta che il veicolo nemico sarà a portata di tiro, ordinate al vostro unico uomo armato di lanciamissili di attaccare l’ostile, per eliminarlo velocemente, lasciando poi il compito di ripulire la zona dalla fanteria agli altri uomini.
Ecco il problema: anche se impartirete correttamente l’ordine, probabilmente il vostro uomo con l'RPG si incanterà per qualche strana ragione, venendo immediatamente crivellato dai colpi nemici e, siccome non potrete raccogliere le armi dai corpi caduti, sia amici che nemici, vedrete la vostra squadra perire velocemente sotto il fuoco nemico, obbligandovi a caricare nuovamente la partita, con la speranza che, questa volta, l’IA porti a termine l’ordine assegnatali.
Se a questa imbarazzante situazione aggiungete l’impossibilità di salvare quando si desidera, ma solamente attraverso dei checkpoint fissati dai programmatori, capirete quanto possa diventare frustrante il dover ripetere, da capo, un’intera sezione di gioco, non per un errore vostro.
Ad onor del vero va detto che comunque l’IA è un continuo alternarsi di deficienza ed intelligenza: alle volte, i vostri nemici, non si accorgeranno di voi nemmeno se gli correte dietro le spalle, mentre altre si dimostreranno dei temibili avversari, offrendovi un livello di sfida decisamente elevato, che di fatto, richiama le sensazioni vissute nel primo Ghost Recon, dove ogni passo poteva portarvi alla morte per una sola disattenzione.