Cronologicamente parlando Storm of Zehir si svolge nello stesso periodo della prima espansione, Mask of the Betrayer: la guerra contro il re delle Ombre è terminata da poco ma, nonostante la vittoria, sia Neverwinter sia le altre città della costa della spada sono gravemente indebolite con l'economia in frantumi e bande di mostri o banditi lungo le strade.
Nel frattempo il protagonista si ritrova assieme al suo party sulla Vigilant, una nave in rotta verso le terre di Samarach, quando un bruttissimo temporale assieme ad alcuni strani incidenti la schiantano sulla spiaggia abbandonando l'intero gruppo e alcuni sopravvissuti sulla costa.
Cominciano subito i problemi, sia con i mostri sia con gli abitanti delle città vicine, da cui il protagonista si salva attraverso l'aiuto di Sa'sani, una potente commerciante locale, di cui si pone agli ordini. Seguendo le sue indicazioni scoprirà come la nave sia stata sabotata da uno Yuan-ti, una malefica razza di uomini serpente adoratori del dio Zehir, e finirà per raggiungere la costa della Spada arrivando quindi nelle terre della città di Neverwinter.
Storm of Zehir ha bisogno di una seria premessa: se il cuore del gameplay, razze e combattimenti svolti seguendo le regole di D&D, è rimasto inalterato tutto il resto ha subito modifiche tali da renderlo quasi irriconoscibile come espansione di Neverwinter Nights 2. Innanzitutto, la composizione del party: non più solo il protagonista, ma anche i gregari (4 all'inizio, sino a un massimo di 6) possono essere o scelti da una lista preesistente o creati attraverso un notevole sistema di customizzazione; razza, sesso, classe del personaggio, orientamento morale... i giocatori avranno a disposizione una lunga lista di possibilità, ulteriormente aumentata dall'introduzione di due nuove razze e tre nuove classi.
Tale scelta può creare entusiasmo tra i patiti dei primi Rpg alla D&D, da cui il sistema trae origine, ma tagliando completamente l'interazione personale con i gregari non può che scontentare i giocatori casual, o quelli attenti alla storia oltre che alle statistiche. Dialoghi con i gregari e tra i gregari, le loro storie personali e relative sub-quest, la loro influenza nella storia, forse anche la possibilità di avere una relazione durante il gioco: tutti questi elementi così importanti in NWN2 sono stati cancellati, togliendo ovviamente molta profondità al mondo di gioco.
Naturalmente, esistono anche dei vantaggi: da un lato, si può scegliere fin dai primi istanti di gioco e sin dalle prime classi (il protagonista comincia dal livello uno) un party fatto apposta per le proprie esigenze facilita la confidenza con il proprio gruppo. Inoltre ora tutti i personaggi potranno partecipare alla conversazione permettendo, se si dispone di gregari abili nelle varie abilità di conversazione (principalmente “diplomazia” e “intimidazione”), di scegliere la risposta più adatta alla situazione.
Da un certo punto di vista anche questo potrebbe essere inteso come difetto, in quanto riduce ulteriormente l'importanza dell'eroe e dei dialoghi, ma si tratta sempre di gusti personali.
La differenziazione dei gregari assume grande importanza anche e sopratutto nella mappa di gioco, completamente rielaborata e ora elemento centrale del titolo: la mappa è infatti totalmente in 3D e liberamente percorribile in lungo e in largo (per quanto, stranamente, la visuale rimanga fissa a volo d'uccello); camminando lungo la mappa si potranno incontrare varie situazioni nelle quali le diverse abilità dei gregari saranno utili: “ascoltare” o “notare” per individuare bonus nascosti, “guarire” per aiutare viandanti in difficoltà o raccogliere erbe medicinali, e così via.
Assolutamente indispensabile sarà l'abilità “sopravvivenza”, la quale permetterà di passare inosservati agli occhi dei mostri vaganti per la mappa in gran numero; poiché ogni scontro con loro porta a una mappa normale, la quale andrà caricata dal gioco in tempi non proprio istantanei (per non parlare del ricaricamento della mappa 3D), il giocatore sarà istantaneamente spinto ad evitarli il più possibile.
Le mappe del mondo (una per Samarach, una per la costa della Spada; forse ve ne sono altre) sono piuttosto ampie ed elaborate, piene di mini-dungeon non legate alle quest principali: tuttavia la maggiore quantità è dovuta alla minor dimensione dei dungeon. Le caverne o gli edifici affrontati hanno infatti subito un netto ridimensionamento, portando dagli enormi dungeon di NWN2 (magari su più livelli) a piccole grotte o singole stanze, con giusto uno-due gruppi di nemici all'interno. Tale riduzione ha riguardato anche le città e le quest: le prime in particolare si dividono tra quelle principali, tra cui la stessa Neverwinter, e gli avamposti commerciali tra cui alcune città viste nel primo episodio, come Highcliff.
Le città principali godranno di uno spazio centrale di medie dimensioni su cui si affacceranno la taverna, il tempio, gli avamposti commerciali ed eventuali edifici unici; nelle città minori mancheranno gli spazi centrali e si avrà accesso agli edifici direttamente dalla mappa 3D. Per quanto riguarda le quest, esse saranno ora presenti in numero assai maggiore (anche decine alla volta, se si lasceranno accumulare) tuttavia molte saranno semplici e prive di spessore, richiedendo solo di parlare con determinati npc posti in differenti città, o di procurarsi certe risorse anch'esse avviabili in differenti città; molte delle quest saranno poi legate allo sviluppo della propria rete commerciale, seconda maggiore innovazione del gioco, la quale merita un commento separato.
Ultime, piccole innovazioni si trovano nel miglioramento degli oggetti e nel riposo o morte dei personaggi.
Gli oggetti potenziate saranno parzialmente più rari rispetto a NWN2, un sistema teso ad incentivare il miglioramento degli stessi da parte del protagonista: sin dall'inizio del gioco infatti gli verrano forniti dei libri in cui inserire gli incantesimi potenzianti, acquistabili nei negozi: a quel punto sarà sufficiente procurarsi i materiali richiesti e possedere le abilità necessarie per realizzare da sé un proprio armamentario di buon livello (talvolta assieme all'uso di un tavolo da lavoro).
Alcune modifiche sono state fatte anche nell'uso dell'opzione riposo o nella gestione della morte: la prima è stata notevolmente ridimensionata e sarà praticabile perlopiù solo nella mappa 3D, venendo quasi sempre proibita nei dungeon; quanto alla morte essa ora sarà “permamente”.
Se in NWN2 i personaggi venivano solo messi Ko, salvo rialzarsi alla fine dello scontro, ora essi al termine dei punti salute diverranno agonizzanti e, se non curati prima dell'esaurimento di un apposito conto alla rovescia, moriranno “definitivamente”; essa sarà in effetti reversibile nei templi delle varie città o attraverso l'uso di un oggetto particolarmente costoso, la moneta della vita.