Se nel primo episodio di .Hack//Infection ci si poteva lamentare perché gli eventi veri e propri erano decisamente pochi e molto spesso il gioco si riduceva ad un hack&slash (e ciò che è peggio, si riduceva ad un hack&slash ripetitivo, inficiato da una quantità abnorme di dungeon nei quali cambiavano solo la disposizione delle camere e la texture degli ambienti, che variava tra poche possibilità), nel secondo episodio la musica sembra non essere cambiata poiché ci sono pesanti limiti qualitativi che rovinano la storia. Il più grave di tutti è il riassunto iniziale sugli eventi del precedente capitolo che si ha all'inizio del gioco: molto sommario e lacunoso, tanto lacunoso che se non avrete giocato al primo capitolo rimarrete all'oscuro di gran parte degli eventi che hanno portato la situazione al punto in cui la “vivete”. L'altra grossa falla a livello di storia è il senso di profonda “incompletezza” che proverete alla fine del secondo capitolo: come nel primo al termine del gioco vi sentivate di aver lasciato qualcosa a metà, allo stesso modo proverete la stessa identica cosa al termine di .Hack//Mutation. Le premesse del gioco sono praticamente le stesse del primo capitolo: Kite viene indotto a giocare a “The World” da un suo amico, Orca, che proprio mentre è con lui subisce un attacco da parte di Skeith che apparentemente ne assorbe la coscienza e manda il corpo di Orca in Coma. Da allora la vostra missione diventa fare chiarezza sulla faccenda e nel cercare di raggiungere il vostro obbiettivo conoscerete tante altre persone, ognuna con i suoi motivi per partecipare a “The World”. Riassumere completamente tutte le vicende avvenute in .Hack//Infection si rivelerebbe un compito piuttosto lungo, quindi proseguiamo parlando della trama nel nuovo capitolo del gioco. La storia riprende dallo stesso identico punto in cui si è interrotto il capitolo precedente, cioè dopo l'incontro con Cubia; continuando il gioco farete la conoscenza dei potenti Administrator che alla fine acconsentiranno ad “aiutarvi” (quando in realtà siete voi ad aiutare loro), emergeranno nuovi personaggi che, esattamente come in .Hack//Infection, non avranno un posto ben definito nell'enorme puzzle che è “The World”. Durante il corso dell'avventura cercherete di recuperare le parti in cui Aura (la ragazzina coi capelli bianchi che vi ha dato il Book of Twilight e il vostro misterioso braccialetto) è stata divisa da Skeith durante il capitolo precedente. A parte questi eventi gli altri sono solo delle “quest” complementari, che vi permetteranno di ottenere altri personaggi (come Nuke e Moonstone) e poco altro.

Esattamente come nel precedente capitolo si riscontra una longevità apparentemente altissima, ma effettivamente le cose non sono proprio così. Se da una parte il gioco è “infinito” perché c'è una quantità abnorme di dungeon “diversi”, dall'altra parte bisogna ammettere che non sono effettivamente “diversi”Â... le texture dei vari dungeon sono limitate (circa 7 texture nuove rispetto a Hack//Infection, il che porta il numero totale a poco più di 30).. Cambia solo la disposizione delle stanze, dei mostri e dei tesori. Insomma un po' come il primo Diablo per pc che aveva solo un lunghissimo dungeon di oltre dieci piani, che cambiavano “configurazione” (disposizione) ogni volta che si ricominciavaÂ... Infatti per visitare una locazione in .Hack//Mutation si agisce in questo modo: si va al gate presente in ogni città (in questo capitolo del gioco avrete a disposizione solo 2 città) e si sceglie una delle varie opzioni, scegliendo così di accedere ad un dungeon field che è stato segnalato dagli “eventi” di gioco, cambiare server (ad ogni città è associata una città diversa, chiamata root town; inizialmente potrete stare solo nel primo server, ma più avanti potrete accedere anche alla seconda), creare una nuova “parola” (per visitare un dungeon field nuovo dovrete scegliere di inserire una nuova parola: praticamente vi verrà data la possibilità di scegliere tre parole da tre gruppi di parole differenti.. Ogni parola che voi sceglierete condizionerà il dungeon field in cui andrete a finire, sia a livello di tesori, che di texture, e cosa più importante a livello di difficoltà; difatti non appena avrete selezionato le tre parole il dungeon verrà creato e verrà indicato il livello dello stesso. Di norma si dovrebbe entrare in un dungeon dello stesso livello o di poco superiore al livello del personaggio più forte). Occasionalmente incapperete nelle “Protected Area”, che sono zone particolari che dovranno essere sbloccate in maniera particolare, ma di questo parleremo più avanti. La meccanica di gioco finora illustrata sembra affascinante, se non fosse cheÂ... è IDENTICA a quella del capitolo precedente, il che sminuisce immensamente il suo valore intrinseco. E non è solo nell'esplorazione che il gioco è rimasto identico.

A livello di gameplay OGNI elemento è stato pedissequamente COPIATO dall'edizione precedente del gioco, per cui anche l'analisi di questa sezione è controvoglia identica a quella realizzata per Hack//Infection.
La prima cosa che “balza all'occhio” è l'impronta pesantemente action del gioco: i combattimenti avvengono in tempo reale, e per certi versi ricordano molto i classici dell' “hack&slash” come Diablo e Diablo 2. Gli oggetti hanno il più delle volte effetto istantaneo, mentre le skill sono soggette ad un “dealy” (intervallo di impiego) variabile. Il combattimento è estremamente frenetico, e voi il più delle volte vi limiterete ad usare il personaggio principale e a dare ordini sommari agli altri componenti del gruppo, visto che dare ordini continui ad ogni membro del gruppo pur avendo notevoli vantaggi (l'IA del gioco è mediocre ed è priva di una voce “allontanati” o “scappa dal nemico”), rischierebbe di inficiare i combattimenti a causa della lunga durata che essi avrebbero. Altra novità importante è la distribuzione delle skill: le skill non vengono imparate (salvo nel caso del protagonista, che ottiene durante la storia automaticamente un'unica skill: Data Drain), ma vengono “equipaggiate”. Ogni pezzo del vostro equipaggiamento (sia protezioni varie che armi), può essere caratterizzato da delle skill associate, che potrete usare qualora equipaggiate l'oggetto, per cui la scelta dell'equipaggiamento ottimale è dettata non solo dai bonus alle statistiche, ma anche dalle skill associate. Un'ulteriore elemento tattico del gioco è dato dalla questione delle classi: ogni personaggio che incontrerete sarà associato ad una determinata classe, che delimiterà il suo equipaggiamento e le armi (quindi anche le skill) che potrà utilizzare: in linea generale ogni oggetto può essere equipaggiato a chiunque, ma se nella descrizione figura un simbolo di divieto e una lista di classi, quella lista è da intendersi come un elenco di classi che non possono equipaggiare l'oggetto. Ma non è solo questo Hack//Mutation: dovete anche considerare che far si che un vostro compagno equipaggi una determinata arma o protezione dovrete parlargli e scegliere l'opzione “gift” e di seguito selezionare l'oggetto che volete dargli. Se è migliore in termini di statistiche di quello che è già in suo possesso lo equipaggerà automaticamente, altrimenti dovrete forzare voi l'equip di quel personaggio, premendo quadrato, e andando al menù di gestione degli alleati. Dopodiché selezionate il personaggio di cui volete modificare l'equipaggiamento e confermata, e da lì selezionate equipment per cambiare personaggio. All'inizio potrà sembrare macchinoso se abituati agli rpg classici, ma se ci prendete la mano non vi accorgerete quasi più della differenza, tanto più che questa operazione è necessaria, visto che a volte sarà necessario equipaggiare anche solo temporaneamente protezioni estremamente deboli per usufruire di particolari bonus in termini di difesa verso un particolare elemento oppure per usufruire di una skill di potenziamento verso di voi o indebolimento verso il nemico.
Altro elemento importante da considerare sono i soldi: non otterrete soldi dai mostriÂ... Otterrete oggetti dagli scrigni, dalle anfore o dagli scrigni posti all'ultimo piano dei dungeon. Alternativamente gli unici tre modi per ottenere nuovi oggetti sono i seguenti: utilizzare il Data Drain su un nemico, fare scambi o comprare dai negozi.
Comprare la roba dai negozi è sconveniente.. generalmente gli oggetti costano tanto e per pagarli vi toccherà vendere altri oggetti, e comunque salvo il negozio di magia e pozioni, il negozio di equipaggiamenti si rivela inutile visto che venderà roba quasi sempre inferiore a quella che indossate. Gli scambi invece sono conveniente: praticamente parlando con un qualsiasi personaggio del gioco potrete scambiare scegliendo “trade” dal menù contestuale. Così facendo si aprirà un menù in cui figureranno a sinistra gli oggetti del personaggio con cui avete parlato e a destra gli oggetti a vostra disposizione; dopo aver scelto l'oggetto che vi interessa potrete cominciare a mercanteggiare, tenendo bene a mente che non verrà accettato lo scambio finché le quattro stelline bianche in alto non diventeranno tutte gialle, in segno di accettazione dei termini di scambio. Tuttavia bisogna stare attenti ad una limitazione: potete offrire più oggetti per tipo durante una stessa transazione, ma soltanto tre tipi di oggetti per ogni transazione. Il terzo metodo per acquisire oggetti è il Data Drain: tramite l'attacco Data Drain, che potrete eseguire solo quando il nemico va in protection break, cioè quando ha perso una considerevole quantità di hp generalmente, priverete il nemico dei suoi poteri, e fare cioò vi garantirà degli oggetti particolari, i Virus Core, o nuovi pezzi di equipaggiamentoÂ... Ma il data drain è un'arma a doppio taglio: indebolisce anche moltissimo il nemico, ma ne diminuisce così tanto la forza che l'esperienza che otterrete al termine del combattimento diventa pochissima. Considerate anche che non potrete utilizzare questo attacco spessissimo visto che verrete contaminati (potrete osservare il grado di contaminazione quando dal riquadro che appare a destra quando il cursore di selezion skill è su data drain). In genere all'interno il corpo di Kyle è rappresentato in blu, poi passa a verde, poi arancione, e quando è alle soglie della “morte” diventa rosso: non abbiate paura comunque, visto che potete far scendere la contaminazione eliminando mostri senza usare il data drain.
Sempre sul data drain va detto che a volte si rivela indispensabile: spesso vi capiterà di incontrare di nemici “contaminati” che saranno praticamente immortali (più che altro hanno una quantità immane di vite), che dovrete riuscire a fare andare in protection break e sui quali dove utilizzare quindi il data drain, per portarli allo stato “normale” e così facendo permettendovi di batterli.
Altra cosa da considerare nell'impostazione di gioco è che generalmente per proseguire dovrete esplorare la città, leggere la message board oppure rispondere alle e-mail che vi arrivano: scegliendo l'opzione log out e poi exit tornerete ad una sorta di “simulazione di desktop” dalla quale potrete gestire le e-mail che vi saranno inviate e potrete anche personalizzarlo. Allo scopo di personalizzare il desktop vanno utilizzati i Ryu Book, ovvero dei libri che otterrete in particolari momenti usando Data Drain su un qualsiasi nemico: leggendo i Ryu Book in città verranno considerati i vostri attuali risultati nel gioco, e se risulteranno sufficienti per soddisfare particolari requisiti verranno sbloccati filmati (che potrete visualizzare una volta che avrete ottenuto un save clear, ovvero dopo che avrete sconfitto il boss finale e che avrete salvato), tracce audio di sottofondo per il desktop, sfondi nuovi per il desktop.
Sull'esplorazione dei dungeon invece va detto che quando entrerete in un dungeon field non vi troverete direttamente all'entrata vera e propria del dungeon, ma piuttosto vi troverete in una zona qualsiasi del dungeon field e dovrete cercare l'entrata del dugeon (quando sarete nelle vicinanze della stessa, essa verrà indicata sulla mappa), combattendo con i mostri lungo la strada, recuperando il cibo per i grunty (una sorta di maiali/mucche giganti che se cibati debitamente potrete utilizzare a mo di cavalli nei dungeon field per evitare i combattimenti e muovervi più velocemente) e approfittando quando possibile dei Simboli che garantiranno a chi si trova all'interno di una certa area attorno al Simbolo che attivate particolari bonus che variano da bonus alla forza, a rigenerazione dei punti vita, a rigenerazione di punti magia (qui chiamati Skill Point, SP).
Poi ci sono una serie di altri aspetti minori che rendono il gioco vario, come fonti che potenziano o indeboliscono l'equipaggiamento che buttate dentro, le gare coi Goblin e tante altre cose.
Come se non bastasse quanto detto già su, viene introdotto anche il discorso delle protected area, ovvero dei dungeon field protetti nei quali non si può normalmente penetrare, ma nei quali Kite grazie al suo misterioso bracciale può penetrare, a patto di avere i Virus Core richiesti, Virus core ottenibili per mezzo della storia, o a volte ottenibili tramite il data drain a particolari mostri (generalmente i mostri su cui utilizzerete data drain vi daranno oggetti o virus core a b o cÂ... alle volte mostri particolari vi daranno virus core di livelli più alti).
Un piccolo difetto è rappresentato dalla curva di difficoltà: generalmente i mostri non sono molto difficili, ma l'ultimo boss del gioco, se affrontato impreparati può sfiancare anche il più bravo dei giocatori in pochissimo tempo.

Nel server Theta e Lambda sarà possibile partecipare a delle gare particolari usando i Grunty: praticamente dovrete girare per la città recuperando le bandierine e cercando di evitare le persone che sono in città che vi rallenteranno.
Vi è inoltre una nuova città, anche se le due precedenti sono ancora accessibili, e come al solito sarà possibile fare scambi con gli NPC con cui parlerete.
Una nuova abilità, Data Arc, che è praticamente una nuova versione di Data Drain, della quale condivide le caratteristiche peculiari (e in positivo e in negativo), che ha come unica novità quella di accettare bersagli multipli per il Data Drain.
A parte questo ci sono solo alcune armi&protezioni nuove, qualche nuova abilità, minimi miglioramenti grafici in qualche animazione, qualche nuove personaggio “reclutabile”, e qualche nuovo mostro (pochi, troppo pochiÂ....).