Fulcro di questo nuovo episodio è la modalità “Master Mode” che, seguendo un trend ormai consolidato dai più recenti titoli su Naruto, inizia offrendo al giocatore una storia originale, creata appositamente per il gioco, che pure mantiene uno stile decisamente fedele all’opera originale e richiama ripetutamente le vicende conosciute da tutti: nulla di sconvolgente (siamo a livelli degli migliori filler o OAV) ma comunque intrigante, specialmente per le caratteristiche del nemico da fronteggiare, con un combattimento finale che risolleva decisamente una struttura di gioco lineare e ripetitiva (verrebbe da dire “profondamente noiosa” a tratti).
Difatti lo svolgimento di questa modalità avviene tramite l’esplorazione in 3D (con un motore di gioco dedicato, differente da quello standard dei combattimenti classici) di un unico vero dungeon in cui, oltre che un forzato e ridondante backtracking, bisogna sostenere lo sfinimento di un sistema di combattimento privo di tecnica, basato esclusivamente sulla pressione ripetuta del tasto di attacco e sul seguente assistere alle infinite combo che l’eroe eseguirà senza troppi problemi. Limitandosi, di tanto in tanto, a premere al giusto momento il tasto triangolo per eseguire la combo speciale o il tasto del salto per spostare l’azione su una combo aerea: ed è un vero peccato che il gioco nei suoi primi momenti illuda l'utente d'avere una profondità simil rpg, con tanto di indicatori visivi che testimoniano l’evoluzione delle statistiche e delle abilità di Naruto (abilità utilizzate poi raramente e senza stimolare l’inventiva del giocatore). Le aggiunte di tal genere diventano superflue dopo un certo tetto, pur proseguendo, vista la facilità dei combattimenti e la brevità di questo arco narrativo.
Per rendere ancora più interessante (o meglio, sfiancante) questa breve modalità, lungo le aree di gioco sono sparsi degli oggetti speciali indispensabili per sfruttare la modalità “Hero”, in cui rivivere i momenti più importanti dell’arco narrativo pre-shippuden: ciò porta dunque ad un’esplorazione mirata (questi oggetti sono presenti sulla mappa) lungo le ampie, enormi e vuotissime aree di gioco, con il rischio di disinteressarsi abbastanza velocemente a questa ricerca in favore dello svolgimento della trama originale (già di per se narrata ad un ritmo soporifero). Solo i giocatori più accaniti e interessati a completare il gioco al 100% potranno avere il necessario stimolo ad allungare esponenzialmente, ma non in maniera valida, le ore di gioco della modalità Master, al fine di poter rigiocare per l’ennesima volta gli eventi visti e rivisti, vissuti e rivissuti ormai troppe volte.
Tra l’altro completato il primo arco “originale” è possibile proseguire il Master Mode, nonostante dei sospetti titoli di coda, seguendo la primissima parte della narrazione di Shippuden, con una tipologia di gioco però più classica (simile a quanto visto nella modalità RPG del 3° episodio) fatta di esplorazione di aree di gioco 3D ma di combattimenti classici a visuale laterale.