Prendendo le distanze dalle avventure di Nate, Maya, Tatsuya e compagnia, Persona 3 narra vicende completamente slegate dai capitoli precedenti, imbastendo l'intera struttura narrativa su uno degli elementi più cari alla serie, ma mai centrale come questa volta: la vita scolastica.
Ovviamente, anche in questa nuova incarnazione della serie, il mistero e l'occulto sono preponderanti. Escamotage che da il via alle vicende è la cosiddetta Dark Hour, ovvero sessanta minuti "nascosti" che intercorrono dopo la mezzanotte. Durante questo periodo di tempo, tutti gli esseri umani cadono in una stasi momentanea e si trasformano in bare, mentre esseri chiamati Shadow emergono dall'oscurità. Queste creature non sono pericolose per i dormienti, ma esistono alcune eccezioni: esseri umani che non riescono a mutare in tempo, divenendo prede dei misteriosi mostri che ne risucchiano l'energia vitale, lasciandoli in uno stato di apatia per il resto dela vita. Tra queste persone, però, esistono rarissimi esemplari in grado di evocare dai recessi più profondi del proprio io le cosiddette Persona, alter ego dotati di poteri magici, forza sovrumana e fattezze assolutamente bizzarre.
Impersoneremo un enigmatico studente trasferitosi alla Gekkoukan High, istituto situato su un'isola fittizia ma dal look decisamente giapponese. Ovviamente il protagonista senza nome sarà uno degli eletti in grado di evocare persona e verrà subito preso di mira da uno strano gruppo di ragazzi, tutti iscritti presso l'istituto, riuniti sotto l'acronimo di S.E.E.S. (Specialized Extracurricular Execution Squad, ovvero Squadra di Esecuzione Speciale Extracurriculare), tutti dotati del nostro stesso potere ed impegnati nella lotta contro le Shadow.
Coinvolti dai nostri neocompagni paranormali, con cui finiremo per dividere il tetto di un dormitorio studentesco, dovremo destreggiarci tra le lezioni del mattino, i pomeriggi sui libri e nottate passate a perlustrare il Tartarus, una strana torre che compare solo nella Dark Hour.
La trama è uno dei punti di forza del gioco. Non tragga in inganno l'incedere lento e schematico della storia (avremo modo di approfondire questo aspetto nel paragrafo sul gameplay). Il puzzle che si comporrà al termine del gioco sarà senza dubbio uno dei più intriganti e appaganti di cui sia possibile fare esperienza su PS2. Magistale la cura riposta nella realizzazione dell'ambientazione scolastica, credibile e funzionale, che riproduce addirittura con una punta di realismo, se vogliamo, il ritmo di vita studentesco (e fuori sede). Eccezionale il cambio di registro che tinteggia di nero gli eventi legati alle shadow, impregnando l'atmosfera di tensione ed inquietudine, mantenendo però una coerenza invidiabile, creando una frattura che piega la sceneggiatura lasciandola fluire e modellandola attraverso i canali di più generi e sensazioni senza mai spezzarla.
Il vero fiore all'occhiello di Persona 3 va ricercato nel ricchissimo cast di Personaggi.
Ai pochi elementi che si alterneranno sulla scena tra le prime, pigre mattine scolastiche e le battute di caccia notturne si aggiungeranno pian piano una serie di emblematiche figure che arricchiranno la trama di situazioni ed incredibili colpi di scena, ora aggregandosi al nostro party, ora contrapponendovisi.
Ma non sarà solo la nostra vita extracurriculare a movimentarsi di continuo: giorno dopo giorno potremo farci nuovi amici tra compagni di classe, colleghi del club sportivo e via dicendo. La vita quotidiana riveste un ruolo importante tanto quanto quella legata al mero dungeon crawling.
Ogni personaggio secondario che abita la zona della Gekkoukan è dotato di una personalità ben definita e ricca di sfaccettature. Acquisendo popolarità e attirando sempre più attenzione, la nostra agenda degli appuntamenti si riempirà sempre di più: dovremo quindi imparare a gestire la mattina a scuola e il resto della giornata tra svago, studio ed epurazione di mostri. Avendo una libertà decisionale notevole nella gestione dei nostri rapporti interpersonali, potremo inoltre fare esperienza in prima persona dell'evoluzione e maturazione di compagni di scuola e d'avventura.

Il gioco ha una durata predeterminata, ovvero un ciclo scolastico che va da Aprile a Gennaio. Proprio come nella realtà, alcune date corrisponderanno a periodi di vacanza, che spezzeranno l'altresì regolare alternarsi di giorni divisi in modo schematico e ripetitivo. Le sezioni di cui ogni giornata standard sarà composta includono la mattinata a scuola, che dura fino al primo pomeriggio, il tardo pomeriggio, che potremo spendere visitando alcune aree della città o in vari locali con amici, il dopo-cena e la notte.
Il Week-end, i giorni festivi ed alcuni sparuti key event si svolgono invece in modo diverso, sovente guidandoci attraverso situazioni precalcolate oppure costringendoci a spendere tutto il nostro tempo in una sola attività.
E' possibile trascorrere ogni "sezione di tempo" in un gran numero di modi possibili, ma volendo ridurre all'osso la meccanica di gioco, è possibile dividere questo aspetto di Persona 3 in due gruppi di situazioni: la prima è votata al miglioramento del protagonista, la seconda all'interazione con gli altri personaggi (inutile dire che questi due aspetti sono strettamente legati e subordinati).
Recarsi abitualmente al karaoke, al cinema o frequentare un ristorante raffinato, migliorerà tre caratteristiche base, ovvero coraggio, carisma e conoscenza accademica. Aumentando queste stat otterremo un rendimento scolastico migliore e un maggior rispetto dalla gente che ci circonda, permettendoci di attivare dei cosiddetti "Social Link". In totale esistono circa 20 personaggi con cui è possibile intrecciare relazioni di vario genere. Curando nei modi giusti i vari comprimari ci circonderemo così di conoscenti, amici preziosi, rivali, spasimanti. Piacere a tutti non è però facile, prima di tutto perchè il tempo giocherà a nostro sfavore (non potremo dedicare lo stesso spazio a tutti), in secondo luogo perchè guadagnarsi l'altrui fiducia con la frase giusta al momento giusto sarà un compito affatto scontato. Ogni incontro tête à tête sarà condito da un buon numero di dialoghi a riposta multipla o di occasioni per offrire qualche regalo al nostro interlocutore. Ma attenzione, una mossa sbagliata e tutti i nostri sforzi saranno vanificati.
Non tarderanno a presentarsi occasioni in cui le telefonate si accavalleranno proponendo appuntamenti per il week-end.
Cosa fare a quel punto? Disdire un appuntamento preso in precedenza? Ignorare tutti per tener compagnia alla nostra misteriosa compagna di gioco on-line? Lasciar perdere il divertimento e prepararsi per l'esame di fine semestre? Ponderare con attenzione è necessario per non incorrere in un "Reverse Link", ovvero un rapporto quasi del tutto compromesso, che necessiterà di un quantitativo superiore di tempo e sforzi per essere riportato alla normalità.
I Social Link non sono ovviamente una caratteristica volta - esclusivamente - al manieristico gusto della socializzazione tra personaggi digitali: non va dimenticato che Persona 3 è un RPG con tanti mostri cattivi da tagliare in due con spade o abbattere a suon di scariche di pugni.