In Lair il giocatore assume il controllo di Rohn e del suo enorme drago da combattimento, conducendoli attraverso le quattordici battaglie più importanti della guerra che vede contrapposti gli Asyliani ai Mokai. La struttura del gameplay di Lair ricorda molto da vicino i precedenti lavori dei Factor 5: la schermata principale mostra al giocatore tutte le missioni selezionabili e quelle già superate disposte in ordine cronologico. Ogni missione, una volta iniziata, è sua volta suddivisa in molteplici incarichi da portare a termine per garantire la vittoria al nostro esercito; gli obbiettivi da perseguire hanno differente natura e spesso non vanno affrontati in modo “sequenziale”. Capita infatti di dover coprire l'avanzata dell'esercito difendendolo da attacchi provenienti dal cielo (portati dai draghi ma anche dalle “Mantas”, enormi mostri utilizzati per i bombardamenti), da terra (gli assalti dei Rinoceronti che sfondano le fila avversarie sono molto pericolosi, ma i bombardamenti dei lenti “Warbeasts” dotati di catapulte sono altrettanto temibili) o dal mare, solcato dalle flotte di navi Mokai. La strategia da seguire in questi momenti è lasciata alla discrezione del giocatore, che ha la libertà di decidere se concentrarsi su una specifica minaccia o se distribuire in ugual modo gli sforzi difensivi.
Naturalmente la maggior parte delle azioni di gioco sono mirate al combattimento ma non mancano anche le fasi di pattugliamento, infiltrazione, trasporto e gli scontri con giganteschi avversari che fungono da “boss” di fine livello.
In alcune missioni saremo anche chiamati a “collaborare” con il nostro esercito, a cui è affidato il compito principale della battaglia: sul lato superiore dello schermo è posizionato un indicatore di “bilanciamento” tra i due schieramenti, parzialmente colorato di rosso per indicare la forza degli Asyliani e di blu ad evidenziare la potenza dei Mokai. Il nostro compito consiste nel di far in modo che la barra diventi più possibile del colore della nostra fazione, annientando i soldati e le catapulte nemiche o preservando in salute gli armamenti in dotazione al nostro esercito. Da questo punto di vista Lair differisce leggermente dai precedenti titoli dei Factor 5 (in cui gli obbiettivi andavano conseguiti in modo sequenziale, eliminando una certa quantità di avversari prima di proseguire verso il successivo) ed a tratti lo appare più simile ad un “Dynasti Warriors” che ad un titolo “alla Ace Combat”. Il termine di ogni missione, invece, avviene in puro stile Julian Eggebrecht (CEO di Factor 5), con la consegna di una medaglia (oro, argento o bronzo) determinata in funzione di una serie di parametri prestabiliti in ogni stage, tra cui il tempo impiegato a concludere lo stage, il numero di nemici abbattuti o il numero di alleati protetti. Inoltre verrà valutato il fattore “Carnage”, un termine alternativo per indicare un punteggio accumulato durante una missione eliminando soldati, draghi o imbarcazioni. Come da tradizione alla medaglia conseguita corrisponde lo sblocco di un certo numero (che cresce con il livello del riconoscimento) di extra. Sotto questo punto di vista Lair è colossale: oltre ai bonus da utilizzare durante la partita (combo per il drago) potremo accedere ad artwork, filmati, foto del team di sviluppo, un "lettore musicale" con cui ascoltare la colonna sonora e molto altro ancora...

Il drago in Lair è il mezzo da combattimento principe proprio per la propria versatilità: con esso si possono effettuare duelli aerei, scontri “corpo a corpo” bombardamenti e molti altri tipi di attacchi “mirati”. Ogni funzione del drago è affidata al controller Sixaxis, di cui vengono sfruttati corposamente sia i tasti che il sensore di movimento; il semplice volo, per esempio, è affidato al “tilt” del joypad, l'accelerazione viene demandata alla pressione ripetuta del tasto X e la frenata è assegnata alla combinazione dei tasti L2 ed R2. Il motion sensor controlla due ulteriori funzioni “di volo” che purtroppo provocano il primo di una lunga serie di problemi: spingendo in avanti il controller si comanda al nostro drago di effettuare una rapida accelerazione, molto utile soprattutto nel momento in cui si tenta di completare una missione in tempi brevi (e quindi di conquistare una medaglia di livello superiore). Al movimento “contrario” del pad (ovvero una rapida “trazione”) è affidata una funzione altrettanto importante, ovvero l'inversione di marcia, essenziale per fronteggiare tutti i nemici che ci assalgono alle spalle o per riprendere l'attacco di un obbiettivo appena sorvolato.
Purtroppo queste due azioni sono molto simili tra loro e troppo collegate ai movimenti involontari del giocatore. Di conseguenza le errate interpretazioni dei nostri intenti abbondano, così come le situazioni di derivante confusione in cui ci induce Lair. In parole povere? Si tenta un'inversione di marcia per tornare a bombardare un avversario e si ottiene uno scatto in avanti che ci allontana ulteriormente dall'obbiettivo, oppure si vira per bombardare un Rinoceronte e si ottiene uno scatto che ci fa schiantare al suolo... Non c'è allenamento o esperienza che riesca ad eliminare questo problema; si verifica sempre, magari in misura inferiore, ma continua a ripresentarsi anche dopo molte ore di combattimento.
Proseguendo nella carrellata dei controlli del drago scopriamo che molte di queste funzioni sono “contestuali”, ovvero disponibili soltanto in certe circostanze: una di queste è l'atterraggio, che si attiva soltanto ad una certa altezza da un suolo “calpestabile”. Una volta a terra il drago può essere usato per seminare il panico tra le fila dell'esercito nemico: ai tasti cerchio, quadrato e triangolo sono affidati i singoli attacchi (morso, pugno e fiammata) da legare in brevi combo e con cui sbaragliare i nostri avversari (una zampata del nostro drago è capace di spedire a gambe all'aria decine di alabardieri Mokai..). Il sensore di movimento, in questa situazione di gioco, è adibito a sole due funzioni, due attacchi piuttosto utili (il colpo di coda ed il colpo d'ali) che però difficilmente si riescono ad integrare nelle combo a causa delle difficoltà di rilievo del movimento.
Il vero problema del combattimento a terra, però, nasce ben prima di iniziare: la funzione di atterraggio è assegnata ad una coppia di tasti che abbiamo già citato in precedenza, ovvero L2 ed R2. Questi tasti sono sfruttati anche per frenare la corsa del drago e “fluttuare” sul posto per osservare lo scenario e decidere il dafarsi. Nuovamente dovremo quindi confrontarci con dei controlli che interpretano erroneamente le nostre volontà, facendoci atterrare quando invece vorremmo semplicemente fermarci e viceversa.