Il gameplay di Super Paper Mario è assai particolare. Inizialmente l'idea che può farsi il giocatore è quella di un titolo ibrido fra le meccaniche del Platform classico e quelle del gioco di ruolo (cioè le due filosofie espresse rispettivamente da “Super” e “Paper”). Tuttavia nella nuova produzione degli Intelligent System questi due aspetti hanno un carattere piuttosto marginale. La presenza di un livello e di un sistema di crescita dei personaggi è del tutto secondaria: viste le scarse concessioni della struttura di gioco al Power Play (il giocatore, in pratica, non può decidere di “allenarsi”), l'accumulo di esperienza è quasi involontario, ed ha la funzione di uniformare la difficoltà nel corso del gioco (i nemici diventano più potenti di pari passo con gli eroi). D'altra parte la presenza dei summenzionati Healt Point fa sì che si perda quasi del tutto il culto del “salto perfetto”, tanto caro ai giocatori di vecchia data ma ormai abbandonato da tutti i game designer (e pure il prossimo Galaxy sembra esserne orfano).
Così, alla fine, Super Paper Mario si offre come un titolo improntato principalmente sul Puzzle Solving, in cui gli enigmi sono da risolvere principalmente con l'alternanza dei protagonisti (come avviene nell'indecente Yoshi's Island 2) o dei loro fidi aiutanti, i Pixl: piccole icone fluttuanti dalle funzionalità più disparate. Procedendo nell'avventura, dunque, l'utente provvederà ad infoltire il proprio “party”. Da una parte si trovano i quattro eroi principali: oltre a Mario, la principessa, in grado di fluttuare con il suo ombrellino, Bowser, capace di sputare fiamme, e Luigi (che raggiunge il gruppo molto tardi), che si esibisce in super salti dall'altezza vertiginosa. Dall'altra si trovano i piccoli Pixl dai nomi assurdi, che permettono di assegnare al tasto “1” una particolare abilità: dalla martellata al contrattacco, dal piazzamento di una bomba a tempo fino alla miniaturizzazione. Ad una buona varietà di fondo corrisponde, dal punto di vista ludico, un quantitativo appagante di situazioni, che si alternano grazie ad un level design molto piacevole, soprattutto nella prima parte dell'avventura. Si deve tuttavia notare che gran parte delle situazioni vanno affrontate giocoforza con il protagonista principale, l'unico in grado di ruotare sul suo asse per svoltare nella terza dimensione. La vera particolarità di Super Paper Mario sta proprio in questo: in ogni locazione è possibile passare al 3D (alla pressione del Tasto A) per “inquadrare” le cose da un nuovo punto di vista. Si costruisce così un intreccio di piani prospettici, un'altra prova della grande inventiva del team di sviluppo. Sfortunatamente un'impostazione del genere ha costretto gli sviluppatori a frammentare molto ogni locazione, suddividendola in stanze, rompendo così il ritmo di gioco, che in determinati frangenti rischia di diventare assai noioso. In special modo sul finire dell'avventura (gli ultimi tre schemi), si nota la volontà di “allungare il brodo”, costringendo il giocatore ad un insensato e odioso Backtracking in livelli visivamente poco ispirati e monotoni.
Un vero peccato che proprio nelle fasi finali si debba registrare questa caduta di stile, poiché nonostante una generale semplicità degli enigmi la prima metà del viaggio di Mario scorre via piacevole e veloce, entusiasmando l'utente ed incuriosendolo sempre.

Lo schema di controlli, esile e funzionale, sfrutta marginalmente le caratteristiche del Wiimote, in maniera poco invasiva. Grazie agli accelerometri o al sistema di puntamento si devono superare scheletrici minigiochi (si va da una sorta di tiro al bersaglio al semplice scuotimento del Free Hand) nel momento in cui si usano particolari oggetti: se questi riescono, si incrementa l'efficacia dell'item. In qualsiasi momento è poi possibile puntare verso lo schermo per richiedere a Consilia, il primo Pixl che incontreremo, informazioni sui vari oggetti, oppure qualche indizio su come proseguire (a volte è necessario esaminare le locazioni per scoprire porte e scale invisibili).
Infine, muovendo il remote nel momento esatto in cui si colpisce un nemico (saltandogli sopra) è possibile inanellare una sorta di combo che permette di guadagnare qualche punto esperienza in più.
Un utilizzo sensato e intelligente, insomma, del Pad, che ben si integra con lo schema classico dei controlli.